Die Anfänge des Instituts reichen zurück bis 1896. Damals stellte das Leipziger Museum für Völkerkunde die Sammlung des Geologen Alphons Stübel aus, die 1907 als Museum für Länderkunde selbstständig wurde. Die Einrichtung etablierte sich, und seit den 1930er-Jahren war das Museum auch Forschungsinstitut.

Unter der Leitung des Geographen und Kartographen Edgar Lehmann entwickelt sich das Deutsche Institut für Länderkunde ab 1950 zum zentralen geographischen Forschungsinstitut der DDR. Seit 1976 wurde es als Institut für Geographie und Geoökologie (IGG) innerhalb der Akademie der Wissenschaften der DDR weitergeführt.

Nach Auflösung des IGG und erfolgreicher Evaluierung wurde das Institut für Länderkunde zum 1. Januar 1992 neu gegründet. Seit 1996 befindet es sich an seinem heutigen Standort in Leipzig-Paunsdorf, 2003 erfolgte die Erweiterung des Namens in Leibniz-Institut für Länderkunde.

Bisherige IfL-Direktoren (seit 1992)

• Seit April 2003: Sebastian Lentz
• Dezember 1994 bis März 2003: Alois Mayr
• Oktober 1994 bis Dezember 1994: Frank-Dietrich Grimm (komm.)
• Januar 1992 bis September 1994: Hanns J. Buchholz